Uma forma eficiente de garantida de trocar o logo dos emails transacionais no Magento, aqueles emails de boas vindas, pedido etc. É você fazer o seguinte;
1. Crie uma imagem com no máximo 165px de largura com a sua identidade visual.
2. Salve a imagem com o nome logo_email.gif e fundo transparente.
3. Via FTP, envie para a pasta /skin/frontend/base/default/images/
4. Prontinho, agora seu email tem o logo personalizado.