Se você quer deixar a navegação mais limpa, é fácil... basta ocultar os produtos fora de estoque do seu site. Para isso faça o seguinte.
1. Vá em Woocommerce > Configurações.
2. Clique em Produtos e em seguida Inventário.
3. Localize a opção 'visibilidade dos produtos fora de estoque' e salve as alterações.
Pronto, agora seus produtos sem estoque somem da loja.