Antes de começarmos, não esqueça de criar um backup dos arquivos presentes no seu pendrive, pois tudo será apagado no momento que formatarmos ele. Basta copiar todos os arquivos do dispositivo para uma pasta do seu computador.
Abra o explorador de arquivos do Windows e clique no menu "Este Computador". Aqui você encontrará todos os dispositivos de armazenamento do seu computador, assim como a unidade de mídia (caso você possua uma). Verifique qual deles é o seu pendrive e clique com o botão direito do mouse sobre ele.
Clique sobre a opção "Formatar...".
Clique sobre o botão destacado na imagem para verificar as opções de formatação do seu pendrive, as mais comuns são NTFS e FAT32.
Se você preferir, dê um nome ao seu dispositivo preenchendo o campo "Rótulo do volume", depois, clique em "Iniciar" para que o processo de formatação começar.
Confirme a formatação clicando em "OK".
Pronto, a formatação foi concluída e você já está utilizando seu pendrive no formato desejado. Clique em "OK" para finalizar.