Uma forma segura de realizar ações rápidas em seu servidor, é usar o SSH. Nesse tutorial irei explicar como descompactar arquivos.
1. Realize a conexão normalmente via SSH.
2. Navegue até o diretório aonde encontra-se o arquivo.
3. Agora utilize o seguinte comando: tar -xvzf NOME DO ARQUIVO.tar.gz
tar -xvzf nomedoarquivo.tar.gz
Prontinho, é só aguardar.
Créditos: O comando eu peguei no askubuntu, conteúdo e texto por mim.